Το όνομα τής Φοινικούντας προέρχεται από τον αρχαίο λαό των Φοινίκων. Ο Φοινικούς Λιμήν πρωτοαναφέρθηκε από τον Παυσανία ο οποίος είχε περιηγηθεί την περιοχή. Κατά τον ίδιο, οι Φοίνικες, ως ναυτικός λαός, είχαν αποικίσει την περιοχή ιδρύοντας μία μικρή πόλη, τον Φοινικούντα, ο οποίος ήταν, κυρίως, ναυτιλιακό και διαμετακομιστικό κέντρο στην πρωτοελλαδική περίοδο. Αυτή η πόλη βρισκόταν προς τη μεριά τής θάλασσας απέναντι από το νοτιοδυτικό άκρο τής παραλίας Μακρύναμμος, η οποία βρίσκεται δίπλα από την παραλία τής Φοινικούντας. Κάποιες εποχές ο Φοινικούντας ήταν πειρατικό ορμητήριο. Λόγω τρομερού σεισμού, αδιευκρίνιστο το πότε, η μικρή Φοινικική πολιτεία καταποντίστηκε στο βυθό τής θάλασσας. Όσοι από τους Φοίνικες γλύτωσαν, εγκαταστάθηκαν στο λοφίσκο της Ανάληψης, ο οποίος βρίσκεται μεταξύ των δύο παραλιών. Επάνω στο λοφίσκο έχουν βρεθεί αρχαιολογικά ευρήματα, τα οποία μαρτυρούν την ύπαρξη ενός πολύ παλιού οικισμού. Σήμερα βρίσκεται το Κοιμητήριο της Φοινικούντας.